Durante sua trajetória no episcopado, ele foi vigário geral da arquidiocese de São Paulo e membro da Comissão Representativa da Conferência Nacional dos Bispos do Brasil. Exerceu o bispado em Duque de Caxias de 1981 a 2005, quando pediu a renúncia do ministério.
Marcelo Silva, diretor do Sindicato, comentou: “Dom Mauro encarnava uma visão de Igreja onde o cristão, para além dos limites físicos dos templos, deveria atuar na sociedade, anunciando o que é do Reino e denunciando o que não é. Estimulava a participação cristã, nas entidades da sociedade civil organizada: sindicatos; associação de moradores; conselhos de direitos nas diversas esferas do Poder Executivo. Por diversas vezes, abriu as portas para o Sindicato dos Bancários da Baixada Fluminense - à exemplo do que fazia a todas organizações de trabalhadores e trabalhadoras - para a realização das grandes assembleias desde o início da década de 1980, marcada pelo processo de conquista e reabertura democrática e superação da ditadura civil/militar entre os anos de 1964 e 1985. DOM MAURO MORELLI: PRESENTE!”.